Ko nga proteomic matawhānui e whakaatu ana i nga tohu koiora wai cerebrospinal i runga i te roro i roto i te mate a Alzheimer asymptomatic me te tohu.

Ko te mate a Alzheimer (AD) karekau he tohu koiora pūmua e whakaata ana i te maha o te pathophysiology, e aukati ana i te ahunga whakamua o te tātaritanga me te maimoatanga. I konei, ka whakamahia e matou nga proteomic matawhānui hei tautuhi i nga tohu koiora cerebrospinal fluid (CSF) e tohu ana i te whanuitanga o te pathophysiology AD. I tautuhia e te maha o nga momo hiranga papatipu tata ki te 3,500 me te 12,000 nga pūmua i roto i te AD CSF me te roro. I whakatauhia e te tātaritanga whatunga o te porotihi roro e 44 nga momo kanorau koiora, 15 i inaki ki te poroteome wai cerebrospinal. Ko nga tohu CSF AD kei roto i enei waahanga inaki ka takai ki nga roopu pūmua e rima, e tohu ana i nga momo tukanga pathophysiological. Ko nga synapses me nga metabolites i roto i te roro AD ka heke, engari ka piki te CSF, ka piki ake te myelination me nga roopu aukati i roto i te roro me te CSF. Ko te rite me te mate motuhake o nga huringa o te roopu i whakapumautia i roto i te neke atu i te 500 tauira CSF taapiri. I tautuhia ano e enei roopu nga roopu koiora i roto i te AD asymptomatic. I roto i te katoa, ko enei hua he mahi pai mo nga taputapu koiora-a-tukutuku mo nga tono haumanu i AD.
Ko te mate a Alzheimer (AD) te take tino nui o te mate neurodegenerative puta noa i te ao, ka whakaatuhia e te tini o nga ngoikoretanga o te punaha koiora, tae atu ki te tuku synaptic, te aukati glial-mediated, me te metabolism mitochondrial (1-3). Heoi ano, ka aro tonu ona tohu koiora pūmua ki te kimi i te pūmua amyloid me te tau, na reira kaore e taea te whakaatu i tenei momo pathophysiology. Ko enei tohu koiora pūmua "matua" e tino pono ana te ine i roto i te wai cerebrospinal (CSF) ko (i) amyloid beta peptide 1-42 (Aβ1-42), e whakaatu ana i te hanganga o nga tohu amyloid cortical; (ii) tau katoa, he tohu o te paheketanga o te axon; (iii) phospho-tau (p-tau), he kanohi mo te hyperphosphorylation tau pathological (4-7). Ahakoa ko enei tohu koiora o te wai cerebrospinal kua tino awhina i to maatau ki te kite i nga mate pukupuku AD "kua tohua" (4-7), he waahanga iti noa iho o te koiora matatini kei muri i te mate.
Ko te kore o te kanorau pathophysiological o nga tohu koiora AD kua arahi ki te maha o nga wero, tae atu ki te (i) te kore e kaha ki te tautuhi me te ine i te heterogeneity koiora o nga turoro AD, (ii) te iti o te inenga o te kaha o te mate me te ahunga whakamua, ina koa i roto i te waahi o mua, A ( iii) te whakawhanaketanga o nga rongoa rongoa kaore i tino whakaoti i nga ahuatanga katoa o te paheketanga neurological. Ko ta matou whakawhirinaki ki nga tohu tohu whenua ki te whakaahua i te AD mai i nga mate e pa ana ki te whakararu ake i enei raru. He maha ake nga taunakitanga e whakaatu ana ko te nuinga o nga kaumātua e mate ana i te paheketanga he nui atu i te kotahi nga ahuatanga pathological o te heke o te hinengaro (8). Ko te nuinga o te 90% neke atu ranei o nga tangata whai mate AD he mate pukupuku, he whakauru TDP-43, etahi atu mate whakaheke (9). Ko enei wahanga nui o te īnaki pathological kua whakararu i ta tatou anga tātaritanga o naianei mo te paheketanga, me te whakamaaramatanga pathophysiological whanui ake mo te mate.
I runga i te hiahia ohorere mo nga momo tohu koiora AD, kei te kaha haere te mara ki te whakamahi i te tikanga "omics" i runga i te punaha katoa ki te kimi tohu koiora. Ko te Accelerated Pharmaceutical Partnership (AMP)-AD Alliance i whakarewahia i te tau 2014, kei mua i te kaupapa. Ko tenei mahi maha a te National Institutes of Health, academia, me te ahumahi e whai ana ki te whakamahi i nga rautaki e pa ana ki te punaha kia pai ake te tautuhi i te pathophysiology o AD me te whakawhanake i te tātaritanga tātaritanga koiora me nga rautaki maimoatanga (10). Hei waahanga o tenei kaupapa, kua riro te proteomics whatunga hei taputapu pai mo te ahunga whakamua o nga tohu koiora-a-raupapa i AD. Ko tenei huarahi e peia ana e te raraunga kaore i te taha ki te whakarite i nga huinga raraunga proteomics matatini ki nga roopu, ki nga "kowae" ranei o nga pūmua kua whakahuahia e hono ana ki nga momo pūtau motuhake, nga okana, me nga mahi koiora (11-13). Tata ki te 12 nga rangahau proteomic whatunga whai kiko korero kua whakahaerehia i runga i te roro AD (13-23). I roto i te katoa, ko enei tātaritanga e tohu ana kei te pupuri tonu te punaha whatunga roro AD i tetahi whakahaere tino tiakina i roto i nga roopu motuhake me nga rohe cortical maha. I tua atu, ko etahi o enei waahanga e whakaatu ana i nga huringa reproducible i roto i te nui e pa ana ki te AD puta noa i nga huinga raraunga, e whakaatu ana i te pathophysiology o nga mate maha. Huihuihia, ko enei kitenga e whakaatu ana i te waahi punga pai mo te kitenga o te proteome whatunga roro hei tohu koiora i runga i te punaha i AD.
Hei huri i te paati whatunga roro AD ki roto i nga tohu koiora-a-rorohiko whai hua mo te haumanu, i whakakotahihia e matou te whatunga i ahu mai i te roro me te tātari proteomic o AD CSF. Ko tenei huarahi whakauru i arahina ki te tautuhi i nga huinga whakaari e rima o nga tohu koiora CSF e hono ana ki te whanuitanga o te pathophysiology e pa ana ki te roro, tae atu ki nga synapses, nga oko toto, te myelination, te mumura, me te paheketanga o nga huarahi metabolic. I pai te whakamana i enei panui tohu koiora na roto i nga tātaritanga tukurua maha, tae atu ki te neke atu i te 500 tauira CSF mai i nga momo mate neurodegenerative. Kei roto i enei tātaritanga whakamana ko te tirotiro i nga whaainga roopu i roto i te CSF o nga turoro me te AD asymptomatic (AsymAD), te whakaatu taunakitanga ranei o te whakaemi amyloid rereke i roto i te taiao hinengaro noa. Ko enei tātaritanga e whakaatu ana i te tino rerekee o te koiora i roto i te taupori AsymAD me te tautuhi i nga tohu a te roopu ka taea pea te whakauru i nga tangata takitahi i nga waahanga tuatahi o te mate. I roto i te katoa, ko enei hua e tohu ana i te waahanga nui i roto i te whakawhanaketanga o nga taputapu biomarker pūmua i runga i nga punaha maha ka taea te whakaoti i te maha o nga wero haumanu e pa ana ki a AD.
Ko te kaupapa matua o tenei rangahau ko te tautuhi i nga tohu koiora hou o te wai cerebrospinal e whakaata ana i nga momo pathophysiology e ahu mai ana i te roro e arahi ana ki te AD. Ko te Whakaahua S1 e whakaatu ana i a maatau tikanga rangahau, kei roto ko (i) he tātaritanga matawhānui i akiakihia e nga kitenga tuatahi o te AD CSF me te paati roro kupenga hei tautuhi i te maha o nga tohu koiora mate CSF e pa ana ki te roro, me te (ii) te tukuruatanga o muri mai Ko enei tohu koiora kei roto i te maha o nga cerebrospinal motuhake. nga huinga wai. I timata te rangahau-whakakitenga ki te wetewete i te ahua rereke o te CSF i roto i te 20 nga tangata mohio noa me te 20 nga turoro AD i Emory Goizueta Alzheimer's Disease Research Center (ADRC). Ko te tohu o te AD kua tautuhia he tino ngoikoretanga hinengaro i te aroaro o te iti Aβ1-42 me nga taumata teitei o te katoa o te tau me te p-tau i roto i te wai cerebrospinal [Mean Montreal Cognitive Assessment (MoCA), 13.8 ± 7.0] [ELISA (ELISA) )]] (Ripanga S1A). Ko te mana whakahaere (te tikanga MoCA, 26.7 ± 2.2) he taumata noa o nga tohu koiora CSF.
Ko te CSF tangata e tohuhia ana e te awhe hihiri o te nui o te pūmua, ka taea e te albumin me etahi atu pūmua tino nui te aukati i te kitenga o nga pūmua o te hiahia (24). Hei whakanui ake i te hohonutanga o te kitenga pūmua, i tangohia e matou nga pūmua tuatahi 14 tino nui mai i ia tauira CSF i mua i te tātaritanga spectrometry (MS) papatipu (24). He 39,805 peptides i tohua e MS, i mapi ki te 3691 proteomes i roto i nga tauira 40. Ka mahia te inenga pūmua ma te tapanga tohu papatipu tandem maha (TMT) (18, 25). Hei whakatau i nga raraunga kua ngaro, i whakauruhia e matou ko nga pūmua anake i tohua i roto i te 50% o nga tauira i roto i te tātaritanga o muri mai, na te mutunga ka tohua te 2875 proteome. Na te rereketanga nui i roto i te nui o te nui o te pūmua, ka kiia he tauira whakahaere he mea kee (13) kaore i whakauruhia ki te tātaritanga o muri mai. Ko nga uara nui o nga tauira e 39 e toe ana i whakatikahia i runga i te tau, te ira tangata, me te huinga huinga (13-15, 17, 18, 20, 26).
Ma te whakamahi i te tātaritanga t-whakamatautau hei arotake i nga korero rereke i runga i te huinga raraunga regression, i kitea e tenei tātaritanga nga pūmua i tino rerekee nga taumata nui (P <0.05) i waenga i te mana whakahaere me nga keehi AD (Ripanga S2A). Ka rite ki te Whakaaturanga 1A, ko te nui o te katoa o te 225 pūmua i roto i te AD i tino heke, me te nui o te 303 pūmua i tino piki ake. Kei roto i enei pūmua rerekee etahi tohu AD wai cerebrospinal kua tautuhia i mua, penei i te microtubule-associated protein tau (MAPT; P = 3.52 × 10−8), neurofilament (NEFL; P = 6.56 × 10−3), Protein e pa ana ki te tipu 43 (GAP43; P = 1.46 × 10−5), Fatty Acid Binding Protein 3 (FABP3; P = 2.00 × 10−5), Chitinase 3 rite 1 (CHI3L1; P = 4.44 × 10−6), Neural Granulin (NRGN; P = 3.43 × 10−4) me te VGF nerve growth factor (VGF; P = 4.83 × 10-3) (4-6). Engari, i tautuhia ano e matou etahi atu kaupapa tino nui, penei i te GDP dissociation inhibitor 1 (GDI1; P = 1.54 × 10-10) me te SPARC-related modular calcium binding 1 (SMOC1; P = 6.93 × 10-9) . Ko te tātaritanga Gene Ontology (GO) o te 225 kua tino whakahekehia nga pūmua i kitea nga hononga tata ki nga tukanga wai o te tinana penei i te whakawhitinga steroid, te whakaheke toto, me te mahi homoni (Whakaahua 1B me te Ripanga S2B). Engari, ko te nui o te pikinga o te pūmua o te 303 e hono tata ana ki te hanganga pūtau me te kaha o te kaha.
(A) Ko te papa puia e whakaatu ana i te huringa o te poro-log2 (tuaka-x) e pa ana ki te uara P tauanga -log10 (tuaka-y) i whiwhihia e te whakamatautau-t, e whakamahia ana hei kite i te whakaputanga rereke i waenga i te mana (CT) me AD take o te CSF proteome O nga pūmua katoa. Ko nga pūmua me nga taumata tino whakaheke (P <0.05) i roto i te AD ka whakaatuhia ki te puru, ko nga pūmua me nga taumata tino nui o te mate ka whakaatuhia ki te whero. Kua tapaina te pūmua kua tohua. (B) Ko nga kupu GO runga e pa ana ki te pūmua ka tino heke (puru) me te piki (whero) i te AD. Ka whakaatu i nga kupu GO e toru me nga tohu-z teitei rawa atu i roto i nga waahanga o nga tukanga koiora, nga mahi ngota, me nga waahanga pūkoro. (C) I whanganga e MS te taumata MAPT i te tauira CSF (taha maui) me tana hononga ki te tauira ELISA tau taumata (matau). Ka whakaatuhia te tauritenga Pearson me te uara P e tika ana. Na te kore o nga raraunga ELISA mo tetahi keehi AD, kei roto i enei tatauranga nga uara mo te 38 o nga keehi 39 kua tātarihia. (D) Ko te tirotiro i te kohinga kohinga (P <0.0001, Benjamini-Hochberg (BH) i whakatikahia te P <0.01) i runga i te mana whakahaere me te AD CSF i kitea nga tauira e whakamahi ana i te 65 tino whakarereke i nga pūmua i roto i te huinga raraunga. Whakariteritea, whakanoa.
Ko te taumata proteomic o te MAPT e hono tata ana ki te taumata ELISA tau ine motuhake (r = 0.78, P = 7.8 × 10-9; Whakaahua 1C), e tautoko ana i te mana o to maatau ine MS. I muri i te nakunakutanga trypsin i te taumata o te pūmua amyloid precursor (APP), ko nga peptides isoform-specific kua mapi ki te C-terminus o Aβ1-40 me Aβ1-42 e kore e taea te katote pai (27, 28). Na reira, ko nga peptides APP i tautuhia e matou kaore he hononga ki nga taumata ELISA Aβ1-42. Hei arotake i nga korero rereke o ia keehi, i whakamahia e matou nga momo poroteina rereke me te P <0.0001 [te reeti kitenga teka (FDR) i whakatikahia te P <0.01] ki te mahi i te tātaritanga tautau o nga tauira (Ripanga S2A). Ka rite ki te Whakaaturanga 1D, ka taea e enei pūmua tino nui e 65 te whakakao i nga tauira i runga i te ahua o te mate, engari mo te keehi AD kotahi me nga ahuatanga rite-whakahaere. O enei pūmua 65, 63 i piki ake i AD, i te mea e rua noa iho (CD74 me ISLR) kua heke. I te katoa, kua kitea e enei tātaritanga wai cerebrospinal e hia rau nga pūmua i roto i te AD ka waiho hei tohu koiora mate.
Na ka mahia e matou he tātaritanga whatunga motuhake o te proteome roro AD. Ko te roopu roro o tenei kitenga ko te dorsolateral prefrontal cortex (DLPFC) mai i te mana (n = 10), te mate Parkinson (PD; n = 10), te whakauru AD / PD (n = 10) me AD (n = 10) nga take. ) Tauira. Emery Goizueta ADRC. Ko nga tatauranga o enei keehi 40 kua whakaahuahia i mua (25) ka whakarapopotohia ki te Ripanga S1B. I whakamahia e matou a TMT-MS ki te tātari i enei kopa roro 40 me te roopu tukurua o nga keehi 27. I te katoa, ko enei huinga raraunga roro e rua i whakaputa i te 227,121 peptides ahurei, i tohuhia ki te 12,943 proteomes (25). Ko nga pūmua anake i tohua i roto i te 50% o nga keehi ka uru ki nga rangahau o muri mai. Kei roto i te huinga raraunga kitenga whakamutunga 8817 pūmua ine. Whakaritehia nga taumata o te nui o te pūmua i runga i te tau, te ira tangata, me te wa o muri i te matemate (PMI). Ko te whakawhitinga korero rereke o te huinga raraunga i muri i te whakahekenga i whakaatu he> 2000 nga taumata pūmua i tino rerekee [P <0.05, tātaritanga o te rereketanga (ANOVA)] i roto i te rua, neke atu ranei o nga roopu mate. I muri iho, ka mahia e matou he tātaritanga tautau maataki i runga i nga pūmua rerekee, me te P <0.0001 i roto i nga whakataurite AD/mana me te AD/PD ranei (Whakaahua S2, A me B, Ripanga S2C). Ko enei pūmua 165 kua tino whakarereketia e whakaatu ana i nga keehi me nga mate AD mai i te mana whakahaere me nga tauira PD, e whakau ana i nga huringa kaha AD-motuhake i roto i te katoa o te proteome.
Ka whakamahia e matou he algorithm e kiia nei ko Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA) ki te mahi tātari whatunga i runga i te proteome roro i kitea, e whakarite ana i nga raraunga kua whakatakotoria ki roto i nga waahanga pūmua me nga tauira korero rite (11-13). I tautuhia e te tātaritanga nga pūmua e 44 (M) i whakapuaki tahi, kua tohua me te tatau mai i te nui rawa (M1, n = 1821 pūmua) ki te iti rawa (M44, n = 34 pūmua) (Whakaahua 2A me te Ripanga S2D) ). Ka rite ki te korero i runga ake nei (13) Tātaihia te kōtaha whakaaturanga māngai, pūmua āhuatanga rānei o ia kōwae, ka whakahāngai ki te āhua o te mate me te mate AD, ara, whakauhia te hononga o te Rehita Mate a Alzheimer (CERAD) me te Tohu Braak (Whakaahua 2B). I te nuinga, ko nga waahanga 17 i tino hono ki te neuropathology AD (P <0.05). Ko te nuinga o enei waahanga e pa ana ki nga mate e whai kiko ana ki nga tohu momo-motuhake (Whakaahua 2B). Ka rite ki te korero i runga ake nei (13), ka whakatauhia te whakarangatira momo pūtau ma te tātari i te īnaki kōwae me te rārangi tohutoro o ngā ira momo pūtau. Ko enei ira i ahu mai i nga raraunga kua whakaputaina i roto i nga neuron kiore taratahi, endothelial me nga pūtau glial. Whakamātautau raupapa RNA (RNA-seq) (29).
(A) Tirohia te WGCNA o te porotiti roro. (B) Biweight midcorrelation (BiCor) tātaritanga o te pūmua waitohu modular (te wahanga nui tuatahi o te whakaaturanga pūmua modular) me nga ahuatanga neuropathological AD (runga), tae atu ki nga tohu CERAD (Aβ plaque) me Braak (tau tangles). Ko nga kaha o nga hononga pai (whero) me te kino (puru) e whakaatuhia ana e te mahere wera e rua-tae, me te tohu tohu tohu tohu (P <0.05). Whakamahia te Hypergeometric Fisher's Exact Test (FET) (raro) hei aromatawai i te hononga momo pūtau o ia kōwae pūmua. Ko te kaha o te whakamarumaru whero e tohu ana i te tohu o te whakarangatira momo pūtau, me te tohu whetūriki te hiranga tauanga (P <0.05). Whakamahia te tikanga BH hei whakatika i te uara P i puta mai i te FET. (C) GO tātaritanga o pūmua modular. Ko nga tukanga koiora tino tata e whakaatuhia ana mo ia kōwae, rōpū kōwae rānei. oligo, oligodendrocyte.
Ko te huinga o nga waahanga astrocyte me te microglia-taonga e rima e tata ana (M30, M29, M18, M24, me M5) i whakaatu i te hononga pai ki te AD neuropathology (Whakaahua 2B). Ko te tātaritanga ontology e hono ana i enei waahanga glial ki te tipu o te pūtau, te whakatipu, me te mate mate (Whakaahua 2C me te Ripanga S2E). E rua nga waahanga glial taapiri, M8 me M22, ka kaha te whakatikatika i nga mate. Ko te M8 e tino pa ana ki te huarahi whakawhiwhinga rite ki te Toll, he riima tohu e whai waahi nui ana ki te urupare mate mate (30). I te wa ano, ko te M22 he hononga tata ki te whakarereketanga i muri i te whakamaoritanga. Ko te M2, he taonga nui i roto i nga oligodendrocytes, e whakaatu ana i te pai o te hononga ki te pathology AD me te hononga ontological ki te synthesis nucleoside me te tukurua DNA, e tohu ana i te whakanui ake i te tipu o te pūtau i roto i nga mate. I roto i te katoa, ko enei kitenga e tautoko ana i te pikinga o nga waahanga glial i kitea e matou i mua i te proteome whatunga AD (13, 17). I tenei wa ka kitea he maha nga waahanga glial e pa ana ki te AD i roto i te whatunga e whakaatu ana i nga taumata korero iti ake i roto i te mana whakahaere me nga keehi PD, e whakaatu ana i o raatau mate mate kua piki ake i te AD (Whakaahua S2C).
E wha noa nga waahanga kei roto i to taatau whatunga (M1, M3, M10, me M32) e tino honoa kino ana ki te mate AD (P <0.05) (Whakaahua 2, B me C). Ko te M1 me te M3 he nui nga tohu tohu neuronal. Ko te M1 e tino pa ana ki nga tohu synaptic, ko te M3 e tino hono ana ki te mahi mitochondrial. Karekau he taunakitanga mo te whakarangatira momo pūtau mo M10 me M32. Ko te M32 e whakaatu ana i te hononga i waenga i te M3 me te whakawhitinga pūtau, ko te M10 e tino pa ana ki te tipu o te pūtau me te mahi microtubule. Ka whakatauritea ki te AD, ka piki ake nga waahanga e wha ki te mana whakahaere me te PD, ka hoatu ki a raatau nga huringa AD mate-motuhake (Whakaahua S2C). I roto i te katoa, ko enei hua ka tautoko i te heke iho o nga waahanga-nui o nga neuron i kitea e matou i mua i te AD (13, 17). Hei whakarāpopototanga, ko te tātaritanga whatunga o te porotihi roro i kitea e matou i whakaputa i nga waahanga kua whakarerekehia e te AD e rite ana ki o maatau kitenga o mua.
Ko te AD e tohuhia ana e te waahi asymptomatic wawe (AsymAD), e whakaatu ana nga tangata takitahi i te kohinga amyloid kaore he heke o te hinengaro haumanu (5, 31). Ko tenei waahanga asymptomatic he matapihi tino nui mo te kitenga wawe me te wawaotanga. Kua whakaatuhia e matou i mua te kaha o te tiaki i nga waahanga o AsymAD me te rorohiko rorohiko AD puta noa i nga huinga raraunga motuhake (13, 17). Hei whakarite kia rite te kupenga roro i kitea e matou i tenei wa ki enei kitenga o mua, i tātarihia e matou te pupuri i nga waahanga 44 i roto i nga huinga raraunga kua tukuna mai i nga whakahaere 27 DLPFC. Kei roto i enei whakahaere te mana whakahaere (n = 10), AsymAD (n = 8) me AD (n = 9) nga keehi. Ko nga tauira whakahaere me nga tauira AD i whakauruhia ki roto i te tātaritanga o ta maatau roopu roro kitea (Ripanga S1B), ko nga keehi AsymAD he mea motuhake anake i roto i te roopu tukurua. I ahu mai ano enei keehi AsymAD i te peeke roro Emory Goizueta ADRC. Ahakoa he mea noa te mohiotanga i te wa o te mate, he rereke nga taumata amyloid (te tikanga CERAD, 2.8 ± 0.5) (Ripanga S1B).
Ko te tātaritanga TMT-MS o enei kopa roro 27 i puta mai te ine o te 11,244 proteomes. Kei roto i tenei kaute whakamutunga ko nga pūmua anake kua tohua ki te 50% o nga tauira. Kei roto i tenei huinga raraunga tukurua ko te 8638 (98.0%) o te 8817 nga pūmua i kitea i roto i ta maatau rangahau roro, a kua tata ki te 3000 kua tino whakarereketia nga pūmua i waenga i te mana me nga roopu AD (P <0.05, i muri i te whakamatautau t takirua a Tukey mo te tātaritanga rereke) ( Ripanga S2F). I roto i enei pūmua rereke, i whakaatu ano a 910 i nga huringa taumata nui i waenga i te AD me nga keehi whakahaere proteome roro (P <0.05, i muri i te ANOVA Tukey takirua t-whakamatautau). He mea tika kia mohio ko enei tohu 910 he tino rite ki te ahunga o te huringa i waenga i nga proteomes (r = 0.94, P <1.0 × 10-200) (Whakaahua S3A). I roto i te pikinga o nga pūmua, ko nga pūmua me nga huringa tino rite i waenga i nga huinga raraunga ko te nuinga o nga mema o te M5 me te M18 taonga-glial (MDK, COL25A1, MAPT, NTN1, SMOC1, me te GFAP). I roto i nga pūmua kua whakahekehia, ko te hunga e rite tonu ana nga huringa he mema anake o te waahanga M1 (NPTX2, VGF, me RPH3A) e hono ana ki te synapse. I whakamanahia ano e matou nga huringa e pa ana ki te AD o te midkine (MDK), CD44, te pūmua 1 (SFRP1) me te VGF i huna mai i te uru (Whakaahua S3B). I whakaatu te tātaritanga tiaki kōwae e pā ana ki te 80% o ngā kōwae pūmua (34/44) i roto i te pūmua roro i tino tiakina i roto i te huinga raraunga tukurua (z-score> 1.96, FDR whakatika P <0.05) (Whakaahua S3C). Tekau ma wha o enei waahanga i rahuihia i waenga i nga poroteome e rua (z-score> 10, FDR whakatika P <1.0 × 10−23). I roto i te katoa, ko te kitenga me te tukuruatanga o te taumata teitei o te riterite i roto i nga korero rerekee me te hanganga modular i waenga i te porotihi roro e whakaatu ana i te whakahoki ano o nga huringa i roto i nga pūmua cortex mua AD. I tua atu, i whakapumautia ano ko te AsymAD me nga mate nui ake he tino rite te hanganga whatunga roro.
Ko te tātaritanga taipitopito ake o te korero rereke i roto i te huinga raraunga tukurua roro e whakaatu ana i te tohu nui o nga huringa pūmua AsymAD, tae atu ki te 151 nga pūmua tino rerekee i waenga i AsymAD me te mana (P <0.05) (Whakaahua S3D). Ka rite ki te kawenga amyloid, ka tino piki ake te APP i roto i te roro o AsymAD me AD. Ko te MAPT anake te whakarereketanga i te AD, e rite ana ki te pikinga o nga reanga o te kuru me tona hononga e mohiotia ana me te heke o te hinengaro (5, 7). Ko nga momo glial-taonga (M5 me M18) e tino kitea ana i roto i te pikinga o nga pūmua i roto i te AsymAD, ko te M1 e pa ana ki te neuron te tino tohu o nga pūmua heke i AsymAD. Ko te nuinga o enei tohu AsymAD e whakaatu ana i nga huringa nui ake i nga mate tohu. I roto i enei tohu ko SMOC1, he pūmua glial no M18, e pa ana ki nga pukupuku roro me te whanaketanga o nga kanohi me nga peka (32). Ko te MDK ko te heparin-binding growth factor e pa ana ki te tipu o te pūtau me te angiogenesis (33), tetahi atu mema o M18. Ka whakatauritea ki te roopu whakahaere, ka nui haere a AsymAD, ka whai ake i te piki ake o te AD. Engari, ko te synaptic protein neuropentraxin 2 (NPTX2) i tino whakahekehia i roto i te roro AsymAD. Ko te NPTX2 i uru atu ki te neurodegeneration me te whai waahi ki te takawaenga i nga synapses excitatory (34). I roto i te katoa, ka kitea e enei hua nga momo rereke rereke o nga huringa pūmua preclinical i roto i te AD e ahua ahu whakamua ana i runga i te kaha o te mate.
I te mea kua tutuki i a matou te hohonutanga o te kapi pūmua i te kitenga o te poroteome roro, kei te ngana matou ki te maarama ake ki tona inaki ki te whakawhitinga AD taumata-whatunga. Na reira, ka whakatauritea e matou te porotee roro i kitea e matou me te waahanga i mahia e matou i mua mai i te inenga microarray o nga ira 18,204 i AD (n = 308) me te whakahaere (n = 157) kopa DLPFC (13). inaki. I te katoa, i tautuhia e matou nga momo RNA rereke 20, he maha o enei i whakaatu i te whakarangatira o nga momo pūtau motuhake, tae atu ki nga neurons, oligodendrocytes, astrocytes, me te microglia (Whakaahua 3A). Ko nga huringa maha o enei waahanga i AD e whakaatuhia ana i te Whakaahua 3B. E rite ana ki ta maatau tātaritanga inaki pūmua-RNA o mua ma te whakamahi i te poroteome MS kore tapanga hohonu atu (mo te 3000 pūmua) (13), ko te nuinga o nga 44 o nga waahanga i roto i te whatunga poroteima roro i kitea e matou kei roto i te whatunga whakawhiti. Ko ta matou kitenga me te tukuruatanga o nga waahanga pūmua e 34 e tino mau tonu ana i roto i te porotihi roro, 14 noa iho (~ 40%) i puta i te whakamatautau tika a Fisher (FET) i kitea he nui te īnakitanga ki te transcriptome (Whakaahua 3A). Hototahi ki te whakatikatika kino DNA (P-M25 me te P-M19), te whakamaoritanga pūmua (P-M7 me te P-M20), te herenga RNA/splicing (P-M16 me te P-M21) me te whainga pūmua (P-M13 me te P- M23) e kore e īnaki ki ngā kōwae i roto i te tuhinga tuhi. No reira, ahakoa ka whakamahia he huinga raraunga proteome hohonu i roto i te tātaritanga inaki o naianei (13), ko te nuinga o te paati whatunga AD kaore i te mapi ki te whatunga whakawhiti.
(A) Ko te Hypergeometric FET e whakaatu ana i te whakarangatira o nga tohu momo-motuhake i roto i te waahanga RNA o te AD transcriptome (runga) me te tohu o te inaki i waenga i te RNA (x-axis) me te pūmua (y-axis) kōwae o te roro AD (raro). Ko te kaha o te whakamarumaru whero e tohu ana i te tohu o te whakarangatira o nga momo pūtau i te papa o runga me te kaha o te inaki o nga waahanga kei te papa o raro. Ko nga wheturangi e tohu ana i te hiranga tauanga (P <0.05). (B) Te tohu o te hononga i waenga i nga ira ahuatanga o ia waahanga whakawhiti me te mana AD. Ko nga waahanga kei te taha maui he tino kino te hono ki te AD (puru), ko nga mea kei te taha matau he tino pai te hono ki te AD (whero). Ko te uara P kua whakatikahia e te BH-whakahuri-raupapa e tohu ana i te tohu o te hiranga tauanga o ia hononga. (C) He nui nga waahanga inaki me te whakarangatira i te momo pūtau. (D) Te wetewete hononga o te huringa o te poro rakau2 o te pūmua kua tapaina (tuaka-x) me te RNA (tuaka-y) i te kōwae inaki. Ka whakaatuhia te tauritenga Pearson me te uara P e tika ana. Micro, microglia; tinana rangi, astrocytes. CT, mana whakahaere.
Ko te nuinga o nga momo pūmua me te RNA inaki he rite nga korero whakarangatira momo pūtau me nga ahunga huringa AD rite tonu (Whakaahua 3, B me C). Arā, ko te kōwae M1 e pā ana ki te synapse o te poroteome roro (PM​​1) kua mapi ki nga kōwae RNA homologous e toru (R-M1, R-M9 me R-M16), kei roto i te AD e rua. he taumata whakaheke. He rite ano, ko te M5 me te M18 taonga-nui-a-glial ka īnaki ki nga waahanga RNA e whai kiko ana ki nga astrocytes me nga tohu microglial (R-M3, R-M7, me R-M10) me te tino whai waahi ki nga mate Whakanuia. Ko enei ahuatanga rereke i waenga i nga huinga raraunga e rua e tautoko ana i te whakarangatira momo pūtau me nga huringa e pa ana ki nga mate kua kitea e matou i roto i te paati roro. Heoi, he maha nga rereketanga i kitea i waenga i te RNA me nga taumata pūmua o nga tohu takitahi i roto i enei waahanga tiritahi. Ko te wetewete i te hononga o te whakaaturanga rereke o te proteomics me te transcriptomics o nga ngota ngota o roto i enei kowae inaki (Whakaahua 3D) e whakaatu ana i tenei koretake. Hei tauira, ko te APP me etahi atu pūmua kōwae glial (NTN1, MDK, COL25A1, ICAM1, me SFRP1) i whakaatu i te pikinga nui i roto i te proteome AD, engari karekau he huringa i roto i te AD transcriptome. Ko enei huringa o te pūmua-motuhake he hononga tata ki nga tohu amyloid (23, 35), e whakaatu ana i te proteome hei puna o nga huringa pathological, a kaore pea enei huringa e whakaatuhia i roto i te transcriptome.
Whai muri i te tātari takitahi i te roro me nga proteome CSF i kitea e matou, i whakahaerehia e matou he tātaritanga matawhānui o nga huinga raraunga e rua hei tautuhi i nga tohu koiora AD CSF e pa ana ki te pathophysiology o te whatunga roro. Me tautuhi tuatahi i te inaki o nga proteome e rua. Ahakoa e whakaaetia nuitia ana ka whakaatahia e te CSF nga huringa neurochemical i roto i te roro AD (4), kaore i te maarama te tino tohu o te inaki i waenga i te roro AD me te poroteime CSF. Na roto i te whakatairite i te maha o nga hua ira tiritiri i kitea i roto i a maatau proteomes e rua, i kitea e tata ana ki te 70% (n = 1936) o nga pūmua kua tohua i roto i te wai o te roro kua tohua ano i roto i te roro (Whakaahua 4A). Ko te nuinga o enei pūmua inaki (n = 1721) ka mapi ki tetahi o te 44 o nga waahanga korero-tahi mai i te huinga raraunga roro kitea (Whakaahua 4B). Ka rite ki te tumanako, ko nga waahanga roro nui rawa atu e ono (M1 ki te M6) i whakaatu te nui rawa o te CSF inaki. Heoi, he iti ake nga waahanga roro (hei tauira, M15 me M29) ka eke ki te taumata ohorere teitei o te inaki, he nui ake i te waahanga roro e rua te rahi. Ma tenei e whakahihiri i a tatou ki te tango i tetahi tikanga moohio ake, ka akiakihia e te tauanga ki te tatau i te inaki i waenga i te roro me te wai cerebrospinal.
(A me B) Ko nga pūmua i kitea i roto i te roro whakahura me nga huinga raraunga CSF inaki. Ko te nuinga o enei pūmua inaki e hono ana ki tetahi o te 44 o nga waahanga korero-tahi o te whatunga whakaputa-a-roro. (C) Tirohia te īnaki i waenga i te porowhita wai cerebrospinal me te porotio whatunga roro. Ko ia rarangi o te mapi wera e tohu ana i tetahi tātaritanga inaki motuhake o te FET hypergeometric. Ko te rarangi o runga e whakaatu ana i te īnaki (whakauriuri hina/pango) i waenga i te kōwae roro me te katoa o te porotee CSF. Ko te rarangi tuarua e whakaatu ana ko te inaki i waenga i nga waahanga roro me te pūmua CSF (kua whakamarumaruhia ki te whero) kua tino whakatikatikahia i te AD (P <0.05). Ko te rarangi tuatoru e whakaatu ana ko te inaki i waenga i nga waahanga roro me te pūmua CSF (te whakamarumaru kikorangi) he tino whakaheke i te AD (P <0.05). Whakamahia te tikanga BH hei whakatika i te uara P i puta mai i te FET. (D) Kopa te papa kōwae i runga i te hononga momo pūtau me ngā kupu GO whai pānga. Kei roto i enei panui he 271 nga pūmua e pa ana ki te roro, e whai kiko ana nga korero rereke i roto i te paati CSF.
Ma te whakamahi i nga FET kotahi-hiku, i aromatawaihia e matou te hiranga o te īnaki pūmua i waenga i te proteome CSF me nga waahanga roro takitahi. I kitea e te tātaritanga ko te katoa o te 14 nga waahanga roro i roto i te huinga raraunga CSF he tino nui te inaki (FDR whakatikatika P <0.05), me tetahi atu waahanga (M18) he tata ki te hiranga (FDR whakatikatika P = 0.06) (Whakaahua 4C , rarangi runga). Kei te pirangi ano matou ki nga waahanga e tino inaki ana ki nga pūmua CSF rerekee te whakaatu. Na reira, i whakamahia e matou etahi atu tātaritanga FET e rua hei whakatau ko tehea o (i) te pūmua CSF i tino piki ake i roto i te AD me (ii) I tino heke te pūmua CSF i roto i te AD (P <0.05, takirua t whakamatautau AD/mana) Ko nga waahanga roro me te inaki whai kiko. i waenganui i a ratou. E whakaatu ana i nga rarangi waenga me raro o te Whakaahua 4C, ko enei tātaritanga taapiri e whakaatu ana ko te 8 o nga waahanga roro e 44 e tino inaki ana ki te pūmua i whakauruhia ki AD CSF (M12, M1, M2, M18, M5, M44, M33, me M38) . ), i te mea e rua noa nga waahanga (M6 me M15) i whakaatu i te tino inaki ki te iti o te pūmua i roto i te AD CSF. I te mea e tumanakohia ana, 10 nga waahanga katoa kei roto i nga waahanga 15 me te tino inaki ki te CSF proteome. Na reira, ka whakaaro matou ko enei waahanga 15 he puna hua nui o nga tohu koiora CSF i ahu mai i te roro.
I takaihia e matou enei waahanga 15 inaki ki roto i nga panui pūmua nui e rima i runga i to raatau tata ki te hoahoa rakau WGCNA me o raatau hononga ki nga momo pūtau me te ontology ira (Whakaahua 4D). Kei roto i te röpü tuatahi ngä köwae e whai kiko ana ki nga tohu neuron me nga pūmua e pa ana ki te synapse (M1 me M12). He 94 nga pūmua kei roto i te panui synaptic, a kua tino rerekee nga taumata i roto i te proteome CSF, na te mea ko te puna nui rawa atu o nga tohu CSF e pa ana ki te roro i waenga i nga panui e rima. Ko te roopu tuarua (M6 me M15) i whakaatu i te hononga tata ki nga tohu tohu endothelial cell me te tinana vascular, penei i te "whakaora i te whara" (M6) me te "whakaritenga o te urupare aukati humoral" (M15). Ko te M15 ano hoki e tino pa ana ki te lipoprotein metabolism, e hono tata ana ki te endothelium (36). E 34 nga tohu CSF e pa ana ki te roro kei roto i te papanga vascular. Kei roto i te roopu tuatoru nga waahanga (M2 me M4) e tino pa ana ki nga tohu oligodendrocyte me te tipu o te pūtau. Hei tauira, ko nga kupu ontology taumata-runga o M2 ko te "whakaritenga pai mo te tukuruatanga DNA" me te "te tukanga koiora purine". I tenei wa, ko era o te M4 ko te "whakawehenga glial cell" me te "wehenga chromosome". Kei roto i te roopu myelination nga tohu CSF 49 e pa ana ki te roro.
Kei roto i te roopu tuawha te nuinga o nga waahanga (M30, M29, M18, M24, me M5), me te tata ki nga waahanga katoa he tino taonga ki nga tohu microglia me nga tohu astrocyte. He rite ki te paewhiri myelination, kei roto ano i te papa tuawha nga waahanga (M30, M29, me M18) e hono tata ana ki te whakatipu pūtau. Ko etahi atu waahanga kei roto i tenei roopu e tino pa ana ki nga kupu immunological, penei i te "tukanga awenga mate" (M5) me te "whakaritenga urupare mate" (M24). Kei roto i te roopu aukati glial e 42 nga tohu CSF e pa ana ki te roro. Ka mutu, kei roto i te roopu whakamutunga nga tohu e 52 e pa ana ki te roro i runga i nga waahanga e wha (M44, M3, M33, me M38), ko enei katoa kei runga i te tinana e pa ana ki te rokiroki hiko me te paopao. Ko te mea nui rawa atu o enei waahanga (M3) e hono tata ana ki te mitochondria me te nui o nga tohu tohu neuron-motuhake. Ko te M38 tetahi o nga mema o nga waahanga iti o tenei metabolome me te whakaatu ano i te motuhake o te neuron.
I roto i te katoa, ko enei panui e rima e whakaata ana i te whānuitanga o nga momo pūtau me nga mahi i roto i te uho AD, a kei roto i te huinga 271 nga tohu CSF e pa ana ki te roro (Ripanga S2G). Hei arotake i te whaimana o enei hua MS, i whakamahia e matou te whakamaarama toronga tata (PEA), he hangarau e pa ana ki te antibody orthogonal me te kaha o te maha, te tairongo teitei me te motuhake, me te tirotiro ano i nga tauira wai cerebrospinal i kitea he waahanga o enei tohu koiora 271. (n = 36). Ko enei whaainga 36 e whakaatu ana i te huringa i roto i te maha AD o PEA, e hono tata ana ki a maatau kitenga a MS (r = 0.87, P = 5.6 × 10-12) , I tino whakamanahia nga hua o to maatau tirotiro MS (Whakaahua S4). ).
Ko nga kaupapa koiora e whakanuia ana e a maatau roopu e rima, mai i te tohu synaptic ki te whakangao hiko, e pa ana ki te pathogenesis o AD (1-3). No reira, ko nga waahanga 15 katoa kei roto enei panui e pa ana ki te mate AD i roto i te porotee roro i kitea e matou (Whakaahua 2B). Ko te mea tino rongonui ko te hononga pathological pai teitei i waenga i o tatou kōwae glial me te kaha o te hononga pathological kino i waenga i o tatou waahanga neuronal nui rawa atu (M1 me M3). Ko te wetewete korero rerekee o ta maatau porotei roro (Whakaahua S3D) e whakaatu ana i nga pūmua glial i ahu mai i te M5 me te M18. I roto i te AsymAD me te AD tohu, ko nga pūmua glial kua piki ake me nga synapses e pa ana ki te M1 Ko te pūmua ka tino whakahekehia. Ko enei tirohanga e tohu ana ko nga tohu 271 cerebrospinal fluid i kitea e matou i roto i nga roopu e rima e pa ana ki nga tukanga mate i roto i te AD cortex, tae atu ki nga mea e puta ana i nga waahanga o mua.
Kia pai ake ai te wetewete i te ahunga huringa o nga porotini o te roopu i roto i te roro me te wai o te tuara, i tuhia e matou enei e whai ake nei mo ia o nga waahanga 15 inaki: (i) i kitea te taumata o te nui o nga kōwae i roto i te huinga raraunga roro me te (ii) te kōwae pūmua Ka whakaatuhia te rereketanga i roto i te wai cerebrospinal (Whakaahua S5). Ka rite ki te korero i mua ake nei, ka whakamahia te WGCNA ki te whakatau i te nui o te waahanga, te uara pūmua ranei i roto i te roro (13). Ka whakamahia te mapi puia ki te whakaahua i te whakaputanga rereke o nga pūmua modular i roto i te wai cerebrospinal (AD/mana). E whakaatu ana enei whika e toru o nga panui e rima e whakaatu ana i nga ahuatanga korero rereke i roto i te roro me te wai tuara. Ko nga waahanga e rua o te panui synapse (M1 me M12) e whakaatu ana i te heke o te taumata o te nui i roto i te roro AD, engari he tino inaki ki te pikinga o te pūmua i roto i te AD CSF (Whakaahua S5A). Ko nga waahanga e pa ana ki te neuron kei roto te metabolome (M3 me te M38) i whakaatu he rite te ahua o te roro me nga tauira whakaputa wai cerebrospinal (Whakaahua S5E). I whakaatuhia ano hoki e te panui vascular nga ahuatanga korero rereke, ahakoa ko ona waahanga (M6 me M15) kua piki ake i roto i te roro AD me te heke iho i te CSF mate (Whakaahua S5B). Ko nga panui e rua kei roto i nga kupenga glial nui kei roto i nga wahanga e rua o nga pūmua (Whakaahua S5, C me D).
Kia mahara ko enei ahuatanga ehara i te mea noa ki nga tohu katoa o enei panui. Hei tauira, kei roto i te panui synaptic etahi pūmua e tino whakahekehia ana i roto i te roro AD me te CSF (Whakaahua S5A). I roto i enei tohu wai cerebrospinal kua whakahekehia ko te NPTX2 me te VGF o M1, me te chromogranin B o M12. Heoi, ahakoa enei tuunga, ko te nuinga o o tatou tohu synaptic kua piki ake i roto i te wai o te tuara AD. I roto i te katoa, i taea e enei tātaritanga te wehewehe i nga ahuatanga tino nui o te roro me nga taumata wai o te roro i roto i ia papa e rima. Ko enei ahuatanga e whakaatu ana i te hononga uaua me te rereke rereke i waenga i te roro me te whakaaturanga pūmua CSF i AD.
I muri mai, i whakamahia e matou he tātaritanga tukurua MS (CSF replication 1) ki te whakawhāiti i a matou huinga tohu koiora 271 ki nga taumata tino pai me te whakaputa (Whakaahua 5A). Ko te kape CSF 1 te katoa o nga tauira 96 ​​mai i Emory Goizueta ADRC, tae atu ki te mana whakahaere, AsymAD, me te roopu AD (Ripanga S1A). Ko enei take AD e tohuhia ana e te heke o te hinengaro ngawari (te tikanga MoCA, 20.0 ± 3.8), me nga huringa o nga tohu koiora AD kua whakapumautia i roto i te wai cerebrospinal (Ripanga S1A). He rereke ki te tātaritanga CSF i kitea e matou, ka mahia tenei tukurua ma te whakamahi i te tikanga MS "kotahi-pere" tino pai ake me te teitei (kaore he hautau-a-waho), tae atu ki te kawa whakarite tauira ngawari e whakakore ana i te hiahia mo te mate mate o nga tauira takitahi. . Engari, ka whakamahia he "hongere whakaniko" kotahi kua whakahekehia te aukati hei whakanui ake i te tohu o te iti rawa o nga pūmua (37). Ahakoa ka whakaitihia te katoa o te kapi proteome, ko tenei tikanga mapere kotahi ka tino whakaiti i te wa miihini me te whakanui ake i te maha o nga tauira tohu-TMT ka taea te tātari ka taea (17, 38). I te katoa, i tohuhia e te tātaritanga 6,487 peptides, i tohuhia ki te 1,183 proteome i roto i nga keehi 96. Pērā i te tātaritanga CSF i kitea e mātou, ko ērā pūmua anake i ine i roto i te 50% o ngā tauira i whakauruhia ki roto i ngā tātaitanga o muri mai, ā, i hoki whakamuri ngā raraunga mō ngā pānga o te tau me te ira tangata. I puta tenei ki te inenga whakamutunga o te 792 proteomes, 95% o enei i kitea ano i roto i te huinga raraunga CSF i kitea.
(A) Ko nga whainga pūmua CSF e pa ana ki te roro i manatokohia i roto i te roopu CSF i tukuna tuatahi me te whakauru ki te roopu whakamutunga (n = 60). (B ki E) Ko nga taumata tohu koiora o te Paewhiri (nga tohu-z-hiato) i inehia i roto i nga roopu tukurua CSF e wha. Ko nga whakamatautau-t takirua, ANOVA ranei me te whakatikatika a Tukey i muri i te whakatikatika i whakamahia hei arotake i te hiranga tauanga o nga huringa o te nui o ia tātaritanga. CT, mana whakahaere.
I te mea e tino pirangi ana matou ki te manatoko i a maatau 271 nga whaainga CSF e pa ana ki te roro na roto i te tātaritanga matawhānui, ka whakawhāitihia e matou etahi atu tirotirohanga o tenei proteome tukurua ki enei tohu. I roto i enei 271 pūmua, 100 i kitea i roto i te tukurua CSF 1. Ko te ahua S6A e whakaatu ana i te rereketanga o enei tohu 100 inaki i waenga i te mana me nga tauira tukurua AD. Ko nga histones synaptic me te metabolite ka piki ake i roto i te AD, ko nga pūmua vascular ka heke te nuinga o te mate. Ko te nuinga o nga tohu 100 inaki (n = 70) i ​​mau tonu te ahunga rereke o nga huinga raraunga e rua (Whakaahua S6B). Ko enei tohu CSF e 70 kua whakamanahia e pa ana ki te roro (Ripanga S2H) te nuinga o te whakaata i nga ahuatanga korero a te roopu kua kitea i mua ake nei, ara, ko te whakaheke-whakahaere o nga pūmua ngongo me te whakatikatika o etahi atu panui katoa. 10 anake o enei 70 pūmua whaimana i whakaatu i nga huringa i roto i te nui AD e whakahē ana i enei ahuatanga o te roopu. Hei whakaputa i tetahi panui e whakaatu pai ana i te ahua o te roro me te wai o te roro, ka whakakorehia e matou enei pūmua 10 mai i te roopu o nga paanga i whakatauhia e matou (Whakaahua 5A). No reira, i te mutunga ka uru ki roto i ta maatau roopu te katoa o nga pūmua 60 kua manatokohia i roto i nga roopu CSF AD motuhake e rua ma te whakamahi i nga tauira whakaritenga rereke me te tātari papaaho MS. Ko nga tohu tohu-z o enei panui whakamutunga i roto i te mana CSF kape 1 me nga keehi AD i whakapumautia te ahua o te roopu i kitea i roto i te roopu CSF i kitea e matou (Whakaahua 5B).
I roto i enei pūmua 60, kei reira nga ngota ngota e mohiotia ana e hono ana ki te AD, penei i te osteopontin (SPP1), he cytokine pro-inflammatory kua hono ki te AD i roto i nga rangahau maha (39-41), me te GAP43, He pūmua synaptic. e tino hono ana ki te neurodegeneration (42). Ko nga pūmua tino manatoko he tohu e pa ana ki etahi atu mate neurodegenerative, penei i te amyotrophic lateral sclerosis (ALS) superoxide dismutase 1 (SOD1) e pa ana ki te mate o Parkinson me te desaccharase e pa ana ki te mate o Parkinson (PARK7). Kua whakatauhia ano e matou he maha atu nga tohu, penei i te SMOC1 me te roro-taonga membrane taapiri tohu tohu pūmua 1 (BASP1), he iti nga hononga o mua ki te neurodegeneration. He mea tika kia mohiohia na te iti o te nui o te nui o te CSF proteome, he uaua ki a maatau te whakamahi i tenei tikanga rapu-kotahi-mapu teitei kia kitea pono ai te MAPT me etahi atu pūmua e pa ana ki te AD (hei tauira, NEFL me te NRGN. ) ( 43, 44 ).
Katahi ka tirohia e matou enei tohu paewhiri matua e 60 i roto i nga tātaritanga taapiri e toru. I roto i te CSF Copy 2, i whakamahia e matou he TMT-MS kotahi ki te tarai i tetahi roopu motuhake o te mana whakahaere 297 me nga tauira AD mai i Emory Goizueta ADRC (17). Ko te whakahokinga CSF 3 i whakauruhia he reanalysis o nga raraunga TMT-MS e waatea ana mai i te mana whakahaere 120 me nga turoro AD mai i Lausanne, Switzerland (45). I kitea e matou neke atu i te rua hautoru o nga tohu matua 60 i ia huingararaunga. Ahakoa i whakamahia e te rangahau a Swiss nga papaapapa MS rereke me nga tikanga inenga TMT (45, 46), i tino whakaputahia e matou o maatau roopu i roto i nga tātaritanga e rua (Whakaahua 5, C me D, me nga Ripanga S2, I, me J). Hei aromatawai i te mate motuhake o to taatau roopu, i whakamahia e matou te TMT-MS ki te tarai i te wha o nga huinga raraunga tukurua (CSF replication 4), kaore i te whakauru noa i te mana whakahaere (n = 18) me te AD (n = 17) nga keehi, engari ano hoki PD ( n = 14)), ALS (n = 18) me nga tauira dementia frontotemporal (FTD) (n = 11) (Ripanga S1A). Tata ki te rua hautoru o nga pūmua papa i roto i tenei roopu (38 o te 60). Ko enei hua e whakaatu ana i nga huringa AD-motuhake i roto i nga panui tohu koiora e rima (Whakaahua 5E me te Ripanga S2K). Ko te pikinga o te roopu metabolite e whakaatu ana i te tino kaha o te AD, whai muri ko te myelination me te roopu glial. Ki te iti ake, ka whakaatu ano te FTD i te pikinga i waenga i enei panui, tera pea e whakaatu ana i nga huringa whatunga pea (17). He rereke, ko te ALS me te PD i whakaatu tata te rite o te myelination, glial, me nga tohu metabolome ki te roopu whakahaere. I te katoa, ahakoa nga rereketanga o te whakarite tauira, te papaa MS, me nga tikanga inenga TMT, ko enei tātaritanga tukurua e whakaatu ana he tino rite nga huringa AD-motuhake i roto i nga tauira CSF ahurei ake i te 500.
Ko te neurodegeneration AD kua tino mohiotia i etahi tau i mua i te timatanga o nga tohu hinengaro, na reira he hiahia nui mo nga tohu koiora o AsymAD (5, 31). Engari, he maha ake nga taunakitanga e whakaatu ana ko te koiora o AsymAD kei tawhiti atu i te kotahitanga, a, ko te taunekeneke matatini o te raruraru me te kaha ka arahina ki nga rereketanga o te tangata takitahi i roto i te mate o muri mai (47). Ahakoa i whakamahia ki te tautuhi i nga keehi AsymAD, ko nga taumata o nga tohu koiora CSF matua (Aβ1-42, te katoa o te tau me te p-tau) kaore ano kia kaha ki te matapae pono ko wai ka ahu whakamua ki te whakaheke (4, 7), e tohu ana pea. e tika ana ki te whakauru i nga taputapu biomarker katoa i runga i nga ahuatanga maha o te ahuwhenua roro kia tika ai te whakamaarama i te tupono o tenei taupori. Na reira, i tirotirohia e matou i muri mai i to maatau panui tohu tohu-a-AD i roto i te taupori AsymAD o te kape CSF 1. Ko enei take 31 AsymAD i whakaatu i nga taumata koiora matua rereke (Aβ1-42 / tapeke tau ELISA ratio, <5.5) me te tino mohio (te tikanga MoCA, 27.1) ± 2.2) (Ripanga S1A). I tua atu, ko nga tangata katoa me AsymAD he tohu mate pukupuku haumanu o te 0, e tohu ana kaore he tohu o te heke o te mahi hinengaro, mahi mahi ranei i ia ra.
I tirotirohia e matou i te tuatahi nga taumata o nga panui whaimana i roto i nga tauira 96 ​​CSF katoa 1, tae atu ki te roopu AsymAD. I kitea e matou he maha nga panui i roto i te roopu AsymAD he nui nga huringa nui o te AD-rite, i whakaatuhia e te panui vascular te ahua heke i roto i te AsymAD, ko etahi atu panui e whakaatu ana i te ahua o runga (Whakaahua 6A). Na reira, ko nga panui katoa i whakaatu he hononga tino nui ki te ELISA Aβ1-42 me nga taumata tau katoa (Whakaahua 6B). He rereke, ko te hononga i waenga i te roopu me te kaute MoCA he ahua kino. Ko tetahi o nga kitenga tino whakamiharo mai i enei tātaritanga ko te maha o nga waahanga o te roopu i roto i te roopu AsymAD. E whakaatu ana i te Whakaahua 6A, ko te taumata o te roopu o te roopu AsymAD i te nuinga o te waa ka whakawhiti i te taumata o te roopu o te roopu whakahaere me te roopu AD, e whakaatu ana i te rereketanga tino nui. Hei tuhura ake i tenei rerekeetanga o AsymAD, i whakamahia e matou te tātaritanga Multidimensional Scaling (MDS) ki nga keehi 96 CSF tukuruatanga 1. Ka taea e te tātaritanga MDS te tiro i te rite i waenga i nga keehi i runga i etahi taurangi o te huinga raraunga. Mo tenei tātaritanga tautau, ka whakamahia noa e matou nga tohu panui kua whakamanahia he huringa nui (P <0.05, AD/mana) i roto i te kitenga CSF me te tukuruatanga 1 proteome (n = 29) (Ripanga S2L) taumata. I puta mai i tenei tātaritanga he huinga mokowhiti marama i waenga i a maatau whakahaere me nga keehi AD (Whakaahua 6C). Engari, ko etahi o nga keehi AsymAD e tino marama ana ki te roopu whakahaere, ko etahi kei roto i nga keehi AD. Hei tuhura ake i tenei rerekeetanga AsymAD, i whakamahia e matou to maatau mahere MDS ki te tautuhi i nga roopu e rua o enei keehi AsymAD. Ko te roopu tuatahi ko nga keehi AsymAD kua tata ki te mana whakahaere (n = 19), ko te roopu tuarua ko nga keehi AsymAD me te tohu tohu e tata ana ki te AD (n = 12).
(A) Ko te taumata korero (z-score) o te roopu tohu koiora CSF i roto i nga tauira 96 ​​katoa i roto i te CSF replication 1 cohort, tae atu ki a AsymAD. I whakamahia te tātaritanga o te rereketanga me te whakatikatika a Tukey ki te arotake i te hiranga tauanga o nga whakarereketanga a te roopu. (B) Te tātari hononga o te taumata o te nui o te pūmua (z-score) me te kaute MoCA me te taumata tau katoa i roto i nga tauira ELISA Aβ1-42 me te kape CSF 1. Ka whakaatuhia te tauritenga Pearson me te uara P e tika ana. (C) Ko te MDS o te 96 CSF kape 1 take i ahu mai i runga i te nui o nga taumata o te 29 tohu panui whaimana, i tino rerekee i roto i te kitenga me te kape CSF 1 huinga raraunga [P <0.05 AD/mana (CT)]. I whakamahia tenei tātaritanga ki te wehewehe i te roopu AsymAD ki nga roopu mana (n = 19) me AD (n = 12). (D) Ko te papa puia e whakaatu ana i te whakaaturanga rereke o nga pūmua CSF tukuruatanga 1 katoa me te huringa whakakopa log2 (tuaka-x) e pa ana ki te uara P tauanga -log10 i waenga i nga roopu iti AsymAD e rua. He tae nga tohu koiora o te roopu. (E) Ko te tukuruatanga CSF 1 te nui o te taumata o nga tohu koiora o te roopu whiriwhiri he rereke te whakaatu i waenga i nga roopu iti AsymAD. I whakamahia te tātaritanga i muri i te whakatikatika a Tukey ki te aromatawai i te hiranga tauanga.
I tirotirohia e matou te korero pūmua rereke i waenga i enei mana me nga keehi AsymAD rite-AD (Whakaahua 6D me te Ripanga S2L). E whakaatu ana te mapi puia e 14 nga tohu panui kua tino rerekee i waenga i nga roopu e rua. Ko te nuinga o enei tohu he mema o te synapse me te metabolome. Heoi, ko te SOD1 me te myristoylated alanine-rich protein kinase C substrate (MARCKS), he mema o te myelin me nga roopu aukati glial, no tenei roopu hoki (Whakaahua 6, D me E). I whakawhiwhia ano hoki e te roopu vascular nga tohu e rua i tino whakahekehia i roto i te roopu AsymAD rite-AD, tae atu ki te AE here pūmua 1 (AEBP1) me te whakakii i te mema o te whanau C9. Kaore he rereketanga nui i waenga i te mana whakahaere me nga roopu AsymAD rite AD i roto i te ELISA AB1-42 (P = 0.38) me te p-tau (P = 0.28), engari he tino rereke te rereketanga o te taumata tau katoa (P = 0.0031). ) (Fig. S7). He maha nga tohu paewhiri e tohu ana he nui ake nga huringa i waenga i nga roopu iti AsymAD e rua i nga taumata tau katoa (hei tauira, YWHAZ, SOD1, me MDH1) (Whakaahua 6E). I roto i te katoa, ko enei hua e tohu ana kei roto i ta maatau roopu whaimana nga tohu koiora ka taea te whakauru me te whakaraeraetanga o nga turoro me te mate asymptomatic.
He hiahia tere mo nga taputapu tohu-a-raupapa-a-raupapa kia pai ake te ine me te aro ki nga momo pathophysiology kei muri i te AD. Ko enei taputapu e tika ana kia kaua e whakarereke i to maatau anga taatai ​​AD, engari ka whakatairanga ano hoki i te tango i nga rautaki maimoatanga whai hua, mo te manawanui-motuhake (1, 2). I tenei mutunga, i tono matou i tetahi huarahi proteomic matawhānui ki te roro AD me te CSF ki te tautuhi i nga tohu koiora CSF i runga i te paetukutuku e whakaata ana i te whanuitanga o te pathophysiology i runga i te roro. I hangaia e ta maatau tātaritanga nga panui tohu koiora CSF e rima, e (i) e whakaata ana i nga synapses, nga oko toto, te myelin, te mate mate me te ngoikore o te tinana; (ii) whakaatu i te kaha reproducibility i runga i nga papaaho MS rereke; (iii) Whakaatuhia nga huringa ahu whakamua mo te mate-motuhake puta noa i nga waahanga tuatahi me te mutunga o AD. I roto i te katoa, ko enei kitenga he tohu pai mo te whanaketanga o nga taputapu tohu koiora kanorau, pono, paetukutuku mo te rangahau AD me nga tono haumanu.
Ko o maatau hua e whakaatu ana i te whakahaerenga tino tiaki o te paati whatunga roro AD me te tautoko i tana whakamahinga hei punga mo te whanaketanga koiora-a-raupapa. E whakaatu ana ta maatau tātaritanga e rua nga huingararaunga TMT-MS motuhake kei roto nga roro AD me AsymAD he kaha te whakarereke. Ko enei kitenga ka whakawhānui ake i ta maatau mahi o mua, e whakaatu ana i te tiaki i nga waahanga kaha o te neke atu i te 2,000 nga kopa roro mai i nga roopu motuhake maha i te taha o mua, parietal, me te uho-a-tinana (17). Ko tenei whatunga whakaaetanga e whakaatu ana i nga momo huringa e pa ana ki nga mate kua kitea i roto i nga rangahau o naianei, tae atu ki te pikinga o nga waahanga glial-taonga o te mumura me te heke o nga waahanga-nui-a-rorohiko. Pērā i te rangahau o nāianei, kei roto ano hoki i tenei whatunga tauine-nui nga huringa modular nui i roto i te AsymAD, e whakaatu ana i nga momo pathophysiology preclinical rereke (17).
Heoi, i roto i tenei anga-a-raupapa-a-papa, he nui ake te rerekee o te koiora, ina koa i waenga i nga tangata i te timatanga o te AD. Ka taea e to taatau roopu tohu koiora te whakaatu i nga roopu iti e rua i roto i te AsymAD, e whakaatu ana i te rereketanga rereke o nga tohu CSF maha. I taea e to taatau roopu te whakaatu i nga rereketanga koiora i waenga i enei roopu iti e rua, kaore i kitea i te taumata o nga tohu koiora AD matua. Ki te whakatauritea ki te roopu whakahaere, he iti rawa nga owehenga Aβ1-42/tau katoa o enei tangata AsymAD. Heoi, ko te tapeke tau anake i tino rerekee i waenga i nga roopu iti AsymAD e rua, i te mea ko nga taumata Aβ1-42 me te p-tau i noho rite tonu. I te mea ko te tau CSF teitei te ahua he pai ake te matapae mo nga tohu hinengaro i nga taumata Aβ1-42 (7), e whakapae ana matou he rereke nga tupono o te haere whakamua o nga mate o nga roopu AsymAD e rua. I runga i te iti o te rahi tauira o to tatou AsymAD me te kore o nga raraunga roa, me rangahau ano kia maia ai enei whakatau. Heoi ano, ko enei hua e tohu ana ka taea e te roopu CSF i runga i te punaha te whakarei ake i to maatau kaha ki te whakatikatika i nga tangata takitahi i te wa o te mate asymptomatic.
I te katoa, ka tautokohia e a maatau kitenga te mahi o nga mahi koiora maha i roto i te pathogenesis o AD. Heoi ano, ko te mate o te kaha o te kaha o te dysregulated te kaupapa rongonui mo o maatau papa tapanga e rima kua whakamanahia. Ko nga pūmua metabolic, penei i te hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase 1 (HPRT1) me te lactate dehydrogenase A (LDHA), ko nga tohu koiora synaptic tino kaha kua whakamanahia, e tohu ana ko te piki o te AD CSF he tino reproducible sex. He maha ano nga tohu kei roto i o tatou oko toto me nga panui glial e uru ana ki te paopaotanga o nga matū oxidative. Ko enei kitenga e rite ana ki te mahi nui e mahihia ana e nga tukanga metabolic i roto i te roro katoa, ehara i te mea ki te whakatutuki i te hiahia nui o nga neurons, engari ki te whakatutuki i te hiahia nui o nga astrocytes me etahi atu pūtau glial (17, 48). Ko o maatau hua e tautoko ana i nga taunakitanga e tipu haere ana ko nga huringa o te kaha o te redox me te aukati i nga huarahi hiko ko te hononga matua i waenga i nga tikanga matua e pa ana ki te pathogenesis o te AD, tae atu ki nga mate mitochondrial, te mumura-whakawhitiwhitinga glial, me te kino Vascular (49). I tua atu, kei roto i nga tohu koiora o te wai cerebrospinal metabolic te maha o nga pūmua rereke rereke i waenga i a maatau whakahaere me nga roopu-a-AsymAD-rite ki te AD, e kii ana he mea nui te pakaru o enei ara hiko me te redox i roto i te waahanga o mua o te mate.
Ko nga ahuatanga rereke o te roro me te wai cerebrospinal i kitea e matou he pai ano nga paanga koiora. Ko nga synapses me nga metabolomes nui i roto i nga neurons e whakaatu ana i te heke o nga taumata i roto i te roro AD me te nui haere o te wai cerebrospinal. I te mea he nui nga neurons i roto i te mitochondria whakaputa pūngao i nga synapses ki te whakarato i te kaha mo o raatau tohu motuhake (50), ko te ahua o nga korero korero o enei roopu neuron e rua. Ko te ngaro o nga neurons me te tangohanga o nga pūtau kua pakaru ka taea te whakamarama i enei ahuatanga o te roro me te roopu CSF i roto i nga mate o muri mai, engari kaore e taea te whakamarama i nga huringa o te roopu tuatahi ka kitea e matou (13). Ko tetahi whakamaarama mo enei kitenga mo nga mate asymptomatic moata ko te tapahi synaptic rereke. Ko nga taunakitanga hou i roto i nga tauira kiore e kii ana ko te microglia-mediated synaptic phagocytosis ka taea te mahi kino i roto i te AD ka arahi ki te ngaro o te synapse i roto i te roro (51). Ko tenei rauemi synaptic kua whakakorehia ka kohia pea i roto i te CSF, na reira ka kite tatou i te pikinga o te CSF i roto i te roopu neuron. Ka taea hoki e te tapahi synaptic te whakamaarama i tetahi waahanga te pikinga o nga pūmua glial ka kitea i roto i te roro me te wai cerebrospinal puta noa i te tukanga mate. I tua atu i te tapahi synaptic, ko nga mea rereke katoa o te huarahi exocytic ka arahi ano ki nga momo roro me nga whakaaturanga CSF o nga tohu neuronal. He maha nga rangahau i whakaatu kua huri te ihirangi o nga exosome i roto i te pathogenesis o te roro AD (52). Ko te ara extracellular e whai wāhi ana hoki ki te whakatipuranga o Aβ (53, 54). He mea tika kia mohio ko te whakakore i te hunanga exosomal ka whakaitihia te mate penei i te AD i roto i nga tauira kiore transgenic AD (55).
I te wa ano, ko te pūmua i roto i te papaa vascular i whakaatu i te piki haere o te roro AD, engari i tino heke i roto i te CSF. Ko te arai toto-roro (BBB) ​​ka taea te whakamaarama i enei kitenga. He maha nga rangahau motuhake a te tangata i muri i te matemate kua whakaatu i te pakaru o te BBB i AD (56, 57). Ko enei rangahau i whakapumau i nga momo mahi rerekee e karapoti ana i tenei paparanga hiri o nga pūtau endothelial, tae atu ki te pakaru o te kapila roro me te whakaemi perivaskular o nga pūmua kawe toto (57). Ka taea e tenei te whakarato i te whakamaramatanga ngawari mo te pikinga o nga pūmua vascular i roto i te roro, engari kaore e taea e ia te tino whakamaarama i te paunga o enei pūmua i roto i te wai o te roro. Ko tetahi o nga mea ka taea e te punaha nerve matua te wehe i enei ngota hei whakaoti i te raru o te piki haere o te mumura me te ahotea oxidative. Ko te whakahekenga o etahi o nga pūmua CSF tino kino i roto i tenei roopu, ina koa ko nga mea e uru ana ki te ture lipoprotein, e pa ana ki te aukati i nga taumata kino o te mumura me te tukanga neuroprotective o nga momo hāora urupare. He pono tenei mo Paroxonase 1 (PON1), he enzyme here lipoprotein he kawenga mo te whakaheke i nga taumata ahotea oxidative i roto i te tohanga (58, 59). Ko te Alpha-1-microglobulin/bikunin precursor (AMBP) tetahi atu tohu tino whakaheke-whakahaere o te roopu toto. Koia te tohu o te bikunin kaikawe lipid, e whai waahi ana ki te whakakore i te mumura me te Tiaki neurological (60, 61).
Ahakoa nga momo whakapae whakamere, ko te kore e taea te kite tika i nga tikanga mate koiora he herenga rongonui o te tātaritanga proteomic a-whakakitenga. No reira, me rangahau ano kia maia te tautuhi i nga tikanga kei muri i enei panui tohu koiora. Hei anga whakamua ki te whakawhanaketanga o te tātaritanga haumanu a MS, ko te ahunga a meake nei me whakamahi nga tikanga ine ine mo te manatokonga tohu koiora-nui, penei i te aro turuki tauhohenga, whakarara (62). No tata nei i whakamahia e matou te aro turuki tauhohenga whakarara (63) hei whakamana i te maha o nga huringa pūmua CSF e whakaahuatia ana i konei. He maha nga whaainga o te röpü kaupapa matua ka tohua me te tino tika, tae atu ki te YWHAZ, ALDOA, me te SMOC1, e mapi ana ki o taatau synaps, metabolism, me nga panui mumura, ia (63). Ka whai hua pea te Raraunga Raraunga Motuhake (DIA) me etahi atu rautaki-a-MS mo te manatokonga. Bud et al. (64) I whakaatu tata nei he nui te īnaki i waenga i nga tohu koiora AD kua tautuhia i roto i ta maatau huinga raraunga kitenga CSF me te huinga raraunga DIA-MS motuhake, e tata ana ki te 200 nga tauira CSF mai i nga roopu Pakeha rereke e toru. Ko enei rangahau tata nei e tautoko ana i te kaha o a tatou panui ki te huri ki te rapunga pono i runga i te MS. He mea nui ano hoki te whakamohiotanga o te antibody tawhito me te aptamer-aptamer mo te whanaketanga o nga tohu koiora AD matua. Na te iti o te nui o te CSF, he uaua ake te kite i enei tohu koiora ma te whakamahi i nga tikanga MS teitei. Ko te NEFL me te NRGN e rua nga tauira o nga tohu koiora CSF iti-nui, kua maatakihia ki te roopu i roto i ta maatau tātaritanga matawhānui, engari kaore e taea te kitea ma te whakamahi i ta maatau rautaki MS kotahi. Ko nga rautaki arorangi e pa ana ki nga paturopi maha, penei i te PEA, ka whakatairanga pea i te huringa haumanu o enei tohu.
I te katoa, ka whakaratohia e tenei rangahau he huarahi proteomics ahurei mo te tautuhi me te manatoko o nga tohu koiora CSF AD i runga i nga punaha rereke. Ko te whakapai ake i enei panui tohu puta noa i nga roopu AD me nga papaaho MS tera pea e kii te kii ki te ahu whakamua me te maimoatanga morearea AD. Ko nga rangahau e arotake ana i te taumata roa o enei panui i roto i te waa, he mea nui ano hoki hei whakatau ko tehea huinga o nga tohu ka pai ake te whakararangi i te tupono o te mate moata me nga huringa o te taumahatanga o te mate.
Haunga nga tauira 3 i kapehia e CSF, ko nga tauira CSF katoa i whakamahia i roto i tenei rangahau i kohia i raro i te maru o Emory ADRC, i nga whare rangahau tata ranei. E wha nga huinga tauira Emory CSF i whakamahia i roto i enei rangahau proteomics. I kitea i roto i te roopu CSF nga tauira mai i nga mana hauora 20 me nga turoro 20 AD. Ko te kape CSF 1 kei roto nga tauira mai i nga mana hauora 32, 31 takitahi AsymAD, me nga tangata 33 AD. Ko te kape CSF 2 kei roto 147 nga mana whakahaere me nga tauira 150 AD. Ko te maha o nga mate CSF replication 4 cohort i whakauruhia nga mana whakahaere 18, 17 AD, 19 ALS, 13 PD, me nga tauira 11 FTD. E ai ki te whakaaetanga i whakaaetia e te Emory University Institutional Review Board, i whakawhiwhia nga kaiuru katoa ki te ako Emory i te whakaaetanga mohio. E ai ki te 2014 National Institute of Aging Best Practice Guidelines for Alzheimer's Centres (https://alz.washington.edu/BiospecimenTaskForce.html), i kohia te wai cerebrospinal me te rongoa e te werohanga lumbar. Ko te Mana me te AsymAD me nga turoro AD i whakawhiwhia ki te aromatawai hinengaro paerewa i te Emory Cognitive Neurology Clinic ranei Goizueta ADRC. I whakamatauhia o raatau tauira wai cerebrospinal e INNO-BIA AlzBio3 Luminex mo ELISA Aβ1-42, te katoa o te tau me te p-tau tātaritanga (65). Ka whakamahia nga uara ELISA ki te tautoko i te whakarōpūtanga tātaritanga o nga kaupapa i runga i nga paearu tapahi-motuhake AD biomarker (66, 67). Ko nga raraunga taupori taketake me te taatai ​​​​mo etahi atu taatai ​​​​CSF (FTD, ALS, me te PD) ka riro mai i Emory ADRC, i nga umanga rangahau hononga ranei. Ka kitea te metadata take mo enei keehi Emory CSF i te Ripanga S1A. Ko nga ahuatanga o te Swiss CSF replication 3 cohort kua whakaputaina i mua (45).
I kitea e CSF te tauira. Hei whakanui ake i te hohonutanga o to maatau kitenga o te huinga raraunga CSF, i mahia te kohi aukati o nga pūmua nui-nui i mua i te trypsinization. I roto i te poto, 130 μl o CSF ​​mai i te 40 tauira CSF takitahi me te rōrahi rite (130 μl) o High Select Top14 Abundance Protein Depletion Resin (Thermo Fisher Scientific, A36372) i whakanohoia ki roto i te pou hurihuri (Thermo Fisher Scientific, A89868) i te ruma te pāmahana Incubate). I muri i te hurihuri mo te 15 meneti, whakahiahia te tauira ki te 1000g mo te 2 meneti. I whakamahia he taputapu tātari ultracentrifugal 3K (Millipore, UFC500396) ki te whakakoi i te tauira para wai ma te centrifugal i te 14,000g mo te 30 meneti. Ringihia nga pukapuka tauira katoa ki te 75 μl me te tote phosphate buffered. I aromatawaihia te kukū o te pūmua e te tikanga waikawa bicinchoninic (BCA) i runga i te kawa a te kaihanga (Thermo Fisher Scientific). Ko te CSF immunodepleted (60 μl) mai i nga tauira 40 katoa i kerihia me te lysyl endopeptidase (LysC) me te trypsin. I roto i te poto, i whakaitihia te tauira me te alkylated ki 1.2 μl 0.5 M tris-2(-carboxyethyl) -phosphine me 3 μl 0.8 M chloroacetamide i 90 ° C mo te 10 meneti, a ka sonicated i roto i te pati wai mo te 15 meneti. I diluted te tauira ki te 193 μl 8 M urea buffer [8 M urea me 100 mM NaHPO4 (pH 8.5)] ki te kukū whakamutunga o te 6 M urea. Ka whakamahia te LysC (4.5 μg; Wako) mo te nakunaku i te po i te pāmahana rūma. Ko te tauira ka waimeha ki te 1 M urea me te 50 mM ammonium bicarbonate (ABC) (68). Tāpirihia he riterite te nui (4.5 μg) o trypsin (Promega), ka whakakororia i te tauira mo te 12 haora. Whakawakawahia te wairewa peptide kua keria ki te kukū whakamutunga o te 1% te waikawa formic (FA) me te 0.1% te waikawa trifluoroacetic (TFA) (66), katahi ka whakakorehia te tote ki te 50 mg Sep-Pak C18 tīwae (Waters) pera i runga ake nei (25) . Ko te peptide ka tukuna ki te 1 ml o te 50% acetonitrile (ACN). Hei whakataurite i te inenga pūmua puta noa i nga puranga (25), 100 μl aliquots mai i nga tauira 40 CSF katoa i whakakotahi ki te whakaputa i tetahi tauira whakauru, ka wehea kia rima nga tauira o roto o te ao (GIS) (48). Ko nga tauira takitahi katoa me nga paerewa whakakotahi ka whakamarokehia e te miihini tere-tere (Labconco).
Ka kape a CSF i te tauira. I korero a Dayon me o hoa mahi i mua i te paheketanga aukati me te nakunaku o nga tauira CSF kape 3 (45, 46). Ko nga tauira taapiri e toe ana kaore i mate takitahi. Kena enei tauira kaore i tangohia i roto i te trypsin pera i te korero o mua (17). Mo ia tātaritanga tukurua, 120 μl aliquots o te peptide eluted mai i ia tauira i whakahiatohia, ka wehea ki nga aliquot rōrahi rite hei whakamahi hei paerewa o roto o te ao kua tapaina ki te TMT (48). Ko nga tauira takitahi katoa me nga paerewa whakakotahi ka whakamarokehia e te miihini tere-tere (Labconco). Hei whakarei ake i te tohu o te pūmua CSF iti-nui, ma te whakakotahi i te 125 μl mai i ia tauira, i whakaritea he tauira "whakarei" mo ia tātaritanga tukurua [ara, he tauira koiora e whai ana i te tauira rangahau, engari ko te nui e waatea ana nui noa atu (37, 69)] i hanumi ki te tauira CSF whakauru (17). Ka whakakorehia te tauira whakauru ma te whakamahi i te 12 ml o te High Select Top14 Abundance Protein Resin Removal Resin (Thermo Fisher Scientific, A36372), i kerihia i runga ake nei, ka whakauruhia ki roto i te tapanga TMT maha o muri mai.